Ho avuto un problema simile. Per me, non potevo chmod il legame simbolico anche come radice, indipendentemente da come ho chiamato chmod. Per aggiungere confusione a questo, nautilus mostrava il proprietario/gruppo come niente. Il proprietario era semplicemente vuoto. Così ho cercato di cambiare il link simbolico usando nautilus come root, dato che chmod non funzionava e nautilus si è schiantato!
Ma credo di aver capito il problema. La directory a cui puntava il link simbolico aveva autorizzazioni diverse rispetto al link simbolico. Così ho chmod'edato la directory di destinazione (usando -h) al mio nome utente/gruppo. Poi ho modificato il link simbolico allo stesso e ha funzionato! E vedendo i dettagli del link simbolico in nautilus (con i permessi di root) ora non si blocca più.
Quindi per altri che hanno un problema simile, controllate i permessi della directory/file di destinazione e assicuratevi che sia compatibile con i permessi a cui state impostando il link simbolico.