GitHub - ha completamente incasinato i file locali di gitHub nel mio computer

Ho creato un repo nella cartella sbagliata. Cioè la cartella User in OS dove ci sono tutte le cartelle utente, dalle foto, ai video, ai documenti. Così ho spinto tutto su gitHub senza saperlo e ora non posso più creare un repo perché i file con cui lavoro sono nella cartella documents, che è dentro la cartella User. E implicherà che sto creando un repo dentro un repo. Quindi quando vado nel terminale ed eseguo git status, mi mostra questo:

# On branch master
# Your branch and 'origin/master' have diverged,
# and have 2 and 4 different commits each, respectively.
#
# Changes not staged for commit:
# (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
# (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
# deleted: Documents/m3/m3---Best-Game-Ever
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/CCLab_2/cclab_sketch_1/src/Boxes.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/CCLab_2/cclab_sketch_1/src/Boxes.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ball_bouncing/Ball.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ball_bouncing/Ball.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/bouncing_ball_classes/src/ball.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/bouncing_ball_classes/src/ball.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround2.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround2.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround2.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround2.h
# deleted: README.md
#
# Untracked files:
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
# .Trash/
# .bash_history
# .dropbox/
# .openmdao/
# .ssh/
# Documents/2nd_semester/
# Documents/Arduino/
# Documents/OpenMDAO/
# Documents/Personal/
# Documents/T.A/
# Documents/gitHub/
# Documents/mySite/
# Documents/openFrameworks/
# Documents/resources/
# Documents/webcam-pulse-detector-master/
# Dropbox/
# Library/
# Music/
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

Inutile dire che non sono mai in grado di estrarre nulla. Dice che tutto è aggiornato. Ad un certo punto avevo un repo che caricava quelle cartelle senza i file su gitHub ma l'ho cancellato.

Qualche suggerimento?