Proteggere la cartella con una password non servirà a molto se possono semplicemente entrare come amministratore e rivendicare la proprietà della directory da soli.
suggerirei di installare TrueCrypt e di usarlo per creare un volume cifrato basato su file. Poi metti la tua directory DropBox all'interno, e solo le persone che conoscono la password di decrittazione possono arrivarci.
Nota che potrebbero facilmente installare un keylogger sul tuo PC per imparare la tua password di decrittazione a tua insaputa.
Inoltre, il necessario disclaimer: controllate con il vostro dipartimento IT, e non fate nulla di contrario alla politica IT stabilita. Spesso le organizzazioni non vedono di buon occhio l'uso personale della proprietà del lavoro (il tuo PC) e delle risorse (la larghezza di banda utilizzata per scaricare/caricare su DropBox), quindi assicurati di non violare alcuna regola che potrebbe metterti nei guai.