Il problema descritto nella domanda accade quando un documento vuoto/nuovo è impostato su “ANSI”, e vi si incollano caratteri Unicode .
Non c'è alcun rilevamento automatico quando viene usato con un documento vuoto/nuovo, almeno non nella versione di Notepad++ su cui l'ho provato (v5.4.5). “ANSI” è il valore predefinito in Notepad++ per un nuovo documento, a meno che non sia impostato nel menu Impostazioni → Preferenze → scheda Nuovo documento/Apri cartella di salvataggio.
Soluzione
La soluzione è impostare la codifica su UTF-8 prima di incollare, menu Format → Encode in UTF-8:
Esempio
Ho copiato del testo in un nuovo documento Notepad++, Russo (русский язык, russkiy yazyk), da Firefox che mostra la pagina di Wikipedia lingua russa _.
Se la codifica non è non cambiata da “ANSI” questo è il risultato:
Se la codifica è cambiata questo è il risultato:
Come si può vedere nella figura sottostante (la parte Cyrillic è evidenziata), Notepad++ converte effettivamente i caratteri Unicode in ASCII 63 (esadecimale 3F), punti interrogativi. Questo è il motivo per cui i caratteri Unicode vengono persi (in modalità “ANSI”) quando si copia il testo negli appunti (non è non un problema di font - le informazioni vengono perse).
Testato su: Notepad++ v5.4.5 (UNICODE).